盧溝橋事件について、日本側では中国軍から偶発的な発砲があったとする見解が大勢にもかかわらず、中国側が謀略説の立場を取っていたため、現行の教科書では発砲者については触れられていない。
報告書で、中国側は「銃声がどこから来たかを示す正確な資料はみつかっていない」として、偶発的に起きた可能性を明記した。
また、「三光作戦」の三光は「殺し尽くす」「焼き尽くす」「奪い尽くす」の意味で、日本軍の作戦名ではなく、中国側の呼び名だ。しかし、日本側の報告書では「戦線拡大と持久戦」などの章で２カ所にわたって使われ、「物資と食糧の確保のために手段を選ばない討伐作戦」と説明されている。
一方、「南京事件」について、現行の中学教科書では「２０万人ともいわれる捕虜や民間人を殺害」（日本書籍）、高校教科書で「中国政府は３０万人以上を主張している」（東京書籍）などと記述されている。
報告書では犠牲者数を「２０万人を上限として４万人、２万人などさまざな推計がなされている」としたものの、民間人虐殺自体を疑問視する最近の学説は完全に無視した。
日本の教科書検定は、近現代史で中国などアジア諸国への配慮が必要とされる「近隣諸国条項」に縛られている。「三光作戦」や「南京事件」については、日本側が中国側に歩み寄った格好で、近隣諸国条項と同じ「配慮」が共同研究でも働いたといえる。
「新しい歴史教科書をつくる会」の藤岡信勝会長は「中国国内でも実証的な研究が進みつつあり、盧溝橋事件もその表れではないか」として一部を評価しつつ、共同研究が与える影響について「いわゆる自虐史観の健全化を進めるかどうかが評価基準だが、日本側が政治的配慮で表現や数値を中国側に合わせるケースも目立ち、楽観はできない」と話している。
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